Комплексная космическая миссия «Апофис», предпринимается для уточнения орбиты Апофиса радиотехническими средствами. Наряду с этим, миссия должна провести исследование астероида как объекта противодействия возможной опасности, а также как объекта фундаментальной науки. Наконец, указанная миссия предназначена служить дальнейшему укреплению международных связей государств, заинтересованных в решении проблемы астероидной опасности.

Эта миссия носит характер и имеет несколько целей:

- определить и уточнить конкретную угрозу от астероида Апофис на текущее столетие,

- способствовать формированию единой методологии оценки степени астероидно-кометной опасности от тел, чрезмерно сближающихся с Землей,

- отработать методику уточнения движения небесных тел, опасно сближающихся с Землей,

- получить опыт длительных полетов КА в непосредственной окрестности малых тел;

- определить наблюдениями с орбиты и при посадке конкретные структурные и физические характеристики астероида Апофис, определяющие возможности различных способов предотвращения опасности, создаваемой им,

- получить фундаментальную научную информацию об условиях формирования малых тел солнечной системы.

Технологической базой миссии «Апофис» в предусматривается полное использование уже имеющегося в НПО им. С. А. Лавочкина задела по программе Фобос-Грунт (проводимой Россией), а именно, в части перелетного модуля (ПМ). Далее, в миссии принят принцип разделения КА по прибытию к Апофису на две самостоятельные части, раздельно решающие задачи определения орбиты и исследований астероида.

Первая часть (радиомаяк) должна обеспечивать длительные траекторные измерения. При этом она будет существовать в качестве самостоятельного малого неориентированного искусственного спутника астероида (МНИСА) с временем активного существования 5-10лет. В свою очередь, вторая часть (ПМ) в течение ~2-3х лет может решать задачи исследования Апофиса самостоятельно классическими способами, то есть как с орбиты его спутника, так и дополнительно - с посадкой на сам астероид. Наряду с этим ПМ параллельно будет вести траекторные измерения астероида.

Принятая методология проведения миссии повышает надежность выполнения ее основной задачи. Она обеспечивает гибкость программы исследований астероида и увеличивает уверенность в достижении дополнительных целей миссии. Наконец, наземное обеспечение миссии предполагается выполнять в кооперации с зарубежными средствами дальней космической связи и навигации (ESA, JPL), дополняющими российские. Это также повысит эффективность выполнения миссии в целом.